1993年7月5日设立巴中地区。巴中地区辖原达川地区的巴中市、通江县、南江县、平昌县,巴中地区行政公署驻巴中市。
2000年6月14日撤销巴中地区和县级巴中市,设立地级巴中市。市人民政府驻新设立的巴州区。巴中市设立巴州区,以原县级巴中市的行政区域为巴州区的行政区域。区人民政府驻巴州镇。巴中市辖原巴中地区的南江县、平昌县、通江县和新设立的巴州区。
2013年元月18日,设立恩阳区,这也是2013年中国唯一获批的成建制县级区,至此,巴中行政区划变更为三县两区(通江县、南江县、平昌县、巴州区、恩阳区)。
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